Đối với doanh nghiệp mới thành lập thì cần những chứng từ gì để được áp dụng phương pháp kê khai khấu trừ? Các doanh nghiệp thuộc đối tượng được tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thì cần nộp hồ sơ gì cho cơ quan thuế?

1. Doanh nghiệp mới thành lập có được áp dụng phương pháp khấu trừ không?

Theo Công văn 1097/TCT-KK ngày 30/03/2015 Tổng cục thuế hướng dẫn như sau:

“Trường hợp doanh nghiệp, HTX mới thành lập khi xác định thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thì phải nộp mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước thời hạn nộp HSKT đầu tiên phát sinh. Nếu đến thời hạn nộp HSKT đầu tiên NNT không nộp mẫu 06/GTGT thì NNT thuộc trường hợp áp dụng phương pháp tính thuế trực tiếp.”

Như vậy:

Doanh nghiệp mới thành lập được áp dụng phương pháp tính thuế khấu trừ nếu nộp mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đầu tiên phát sinh.

2. Các doanh nghiệp khác thuộc đối tượng được áp dụng phương pháp khấu trừ: 

Căn cứ Khoản 7, Điều 11 Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 06/01/2013 của Bộ Tài chính quy định:
“… Trường hợp người nộp thuế từ 01/01/2014 thuộc đối tượng được tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng thì gửi văn bản thông báo đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 06/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.

Người nộp thuế phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới hoặc năm người nộp thuế tự nguyện áp dụng theo phương pháp khấu trừ.”
Căn cứ TT 119/2014/TT-BTC tại Điều 3, Điểm 3 Sửa đổi, bổ sung khoản 3, 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:
a) Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ.

b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.

Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.
d) Tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.

đ) Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.

Lưu ý:

- Doanh nghiệp, hợp tác xã hướng dẫn tại điểm a khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.

- Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm b, c khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế trực tiếp, cơ sở kinh doanh không phải gửi các hồ sơ, tài liệu chứng minh như dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt, phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, hóa đơn đầu tư, mua sắm, hồ sơ nhận góp vốn, hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. Cơ sở kinh doanh lưu giữ và xuất trình cho cơ quan thuế khi có yêu cầu. Trường hợp cơ sở kinh doanh mới thành lập từ ngày 01/01/2014 chưa đủ điều kiện đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, nếu đáp ứng được các điều kiện hướng dẫn tại điểm b, c khoản này thì được áp dụng theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư này.

- Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm d khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

- Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm đ khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.

Trong thời gian 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ, cơ quan thuế phải có văn bản thông báo cho doanh nghiệp, hợp tác xã, cơ sở kinh doanh biết việc chấp thuận hay không chấp thuận Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.”

Căn cứ theo quy định trên để Công ty áp dụng phương pháp khấu trừ thuế thì Công ty phải gửi Thông báo mẫu 06/GTGT về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp.